Archivo Capitular de la Catedral de Baeza (1573-1580). Libro de autos capitulares de la iglesia y muy reverendos Señores personas y canónicos...
Archivo del Ayuntamiento de Sigüenza (1567-1581). Libro de Actas. Fol. 177r, 181v-183v, 194v (transcripción parcial en Sanz-Serrulla, 1986).
Archivo del convento de Santa Catalina de Baeza (1644). Nota biográfica de Águeda, hija del Dr. Huarte. Fol. 32-33 (orig. desaparecido, trascripción...
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1566). Protocolos de Gerónimo Garrido, el Doctor San Juan, navarro, traspasa el tercio de un batán por...
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1572). Real Provisión que autoriza el nombramiento del Dr. San Juan como médico en Baeza. Madrid, Sign....
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1576-1583). Padrón de la ciudad de Baeza. Baeza, Sign. 2/4/8, fol. 304r, 307v, 324r, 328v, 347r.
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1589a). Protocolo de Francisco de Segura sobre petición de un procurador para los hijos del doctor Huarte....
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1589b). Acta de cabildo sobre los herederos del doctor San Juan. Baeza, Sign. 3/1/5, 20 de octubre de...
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1593a). Acta de cabildo sobre la salida de la cárcel de Juan de San Juan. Baeza, Sign. 2/1/6, 5 de mayo...
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1593b). Actas del cabildo sobre la vuelta a la cárcel de Juan de San Juan. Baeza, Sign. 2/1/6, 9 de...
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1593c). Actas del cabildo sobre negocio de Juan de San Juan. Baeza, Sign. 2/1/6, 28 de junio de 1593.
Archivo Histórico Municipal de Baeza (1594). Acta de cabildo sobre ejecutoria traída por los herederos del Dr. San Juan. Baeza, Sign. 3/1/6,...
Archivo Histórico Nacional (1554-1558). Libro de matrículas de la Universidad de Alcalá 1554-1558. Alcalá de Henares, Secc. Universidad, Sign....
Archivo Histórico Nacional (1559). Libro de Actos y Grados de la Universidad de Alcalá, años 1554-1562. Alcalá de Henares, Secc. Universidades,...
Archivo Histórico Nacional (1576a). Secc. Universidad. Libro 1256, fol. 25v, 28r (transcripción parcial en Sanz-Serulla, 1986).
Archivo Histórico Nacional (1576b). Secc. Universidad. Libro 1249, fol. 28 (transcripción parcial en Sanz-Serulla, 1986).
Archivo Histórico Provincial de Cuenca (1566). Protocolos de Juan de la Fuente, Juan de San Juan médico de la villa de Tarancón nombra al...
Archivo Histórico Provincial de Jaén (1549). Protocolos de Francisco Salido, deuda por compra de aceite suscrita por el Doctor San Juan. Jaén,...
Archivo Histórico Provincial de Jaén (1555). Protocolos de Antonio Poblete de Villarreal, obligación sobre la compra de un caballo suscrita...
Archivo Histórico Provincial de Jaén (1559). Protocolo de Rodrigo Palomino, el médico Juan de San Juan compra 10 varas de paño a Pedro Hernández...
Archivo Histórico Provincial de Jaén (1583). Jaén, vol. 812, fol. 193v, 23 de febrero de 1583.
Archivo Histórico Provincial de Jaén (1587). Jaén, vol. 800, fol. 81r, 11 de febrero de 1587.
Archivo Histórico Provincial de Jaén (1587-1588). Protocolos de Alonso de Jódar. Linares, Leg. 15364, fol. 49v-52r.
Archivo Histórico Provincial de Jaén (1587-1589). Testamento del doctor Juan Huarte de San Juan. Baeza, Protocolo de Francisco de Segura,...
Biblioteca de D. Natalio Rivas Sabater (Palacio Vela de los Cobos, Úbeda). Copia del padrón de hidalguía que para refracción hizo en Baeza...