El propósito de este trabajo fue identificar los factores asociados a los estudiantes, que dificultan el proceso de enseñanza-aprendizaje de las competencias de investigación en un instituto de ciencias de la educación de México. El tipo de estudio es descriptivo, los participantes fueron seis docentes del área de investigación y ocho estudiantes pertenecientes al centro de estudio en mención. Se llevaron a cabo entrevistas semi-estructuradas y observación participante con los docentes, y una entrevista grupal con los estudiantes; de manera adicional, se realizó una revisión documental centrada en los programas de estudio del área de investigación. Los resultados indican que los principales factores que limitan la enseñanza-aprendizaje de la ciencia en este contexto, son las dificultades en las competencias lectoras y escritoras, el desinterés y las creencias desfavorables hacia la ciencia. Los resultados se discuten a la luz del Modelo de Campo y constituyen un aporte para la comprensión de las circunstancias en que se enseña y se aprende la práctica científica en un contexto en el que se forman futuros docentes.