El objetivo de este artículo es abordar el problema de las dificultades fonológicas en niños y jóvenes a través de la teoría metafonológica y describir el funcionamiento de este enfoque. El enfoque está basado en los procesos fonológicos y permite intervenir afectando la reorganización cognitiva de fonemas y palabras. La intervención sobre un fonema se generaliza a otros que comparten el mismo proceso fonológico aunque éstos no pertenezcan al inventarío fonético del niño. En el marco de un proyecto interdisciplinar de ciencias cognitivas (sobre fonología computacional y mecanismos computacionales para modelar los procesos fonológicos) que ha visto involucrados logopedas clínicos así como profesorado universitario de diferentes áreas relacionadas con el lenguaje, se ha desarrollado un sistema de ayuda al logopeda que permite un análisis asistido por ordenador de los datos fonológicos. Este artículo presenta un enfoque lingüístico-computacional del estudio realizado en la universidad irlandesa de Tninity College de Dublín